肛瘘早期的典型症状是肛周形成瘘口，且不断有少量脓性分泌物，甚至有气体和粪便排出，可刺激周围皮肤引起湿疹和瘙痒。
若外口假性愈合，脓液不能排出，即可出现直肠肛管周围脓肿的表现。当外口再次破溃或切开，脓液外流，症状可缓解。如此反复发作多次后，可形成多个瘘口。